Il n'y a aucun lien de filiation entre Jiraya et Minato. C'est assez clair d'ailleurs dans deux passages où on apprend en premier lieu quel est le lien entre Jiraya et Naruto et en suite le passage où on apprend comment Naruto reçoit son prénom. Lors de la mort de Jiraya, celui-ci se remémore une discussion qu'il a avec Minato au sujet de son premier livre.
Au chapitre 367 Jiraya dit clairement page 11 "Je ne sais pas ce que c'est qu'être père, mais si j'était le sien, je serais vraiment très fier de lui" (en parlant de Minato), et il confirme page 12 du même chapitre en parlant de Naruto (fils de Minato) en disant "Je dois admettre que je le considère à présent comme mon propre petit-fils". Et ce "comme" me semble suffisamment éloquent.
Après que Minato et Kushina aient validé Naruto comme prénom pour leur enfant, Jiraya dit clairement "je serai son parrain alors ?" (cf page 11 chap 382).
Ton questionnement est résolu. Il suffit de bien relire tes chapitres pour trouver la réponse à ta question. ^^
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«SALE PUTE ! TA CHATTE ! TA CHATTE ! TA CHATTE ! TA CHATTE !»